デュエルワールドを進めていくと歴代の遊戯王のキャラクターが続々登場！
イベントやミッションをクリアすることで使えるようになるぞ！
キャラクターのレベルを上げることでカードを入手したりスキルを覚えたりするのだ！
どんな困難にも立ち向かう勇気と互いを信じあう心を持つ遊馬とアストラルのW主人公を描いたストーリー。
また、これまでの『遊☆戯☆王』では珍しく、デュエル初心者の等身大が描かれている。 エクシーズ召喚初登場シリーズ！
原作ストーリー
デュエルチャンピオンを目指す九十九遊馬は、奪われた友人のデッキを取り返すため学校一の不良・神代凌牙に勝負を挑む。しかし初心者の遊馬ではまったく歯が立たず、凌牙の猛攻も増すばかり。窮地に追い込まれたその時、遊馬が夢で見た謎の扉が出現して輝きを放つ。ハッと隣を見上げると、そこに「アストラル」が現れた・・・！
- 九十九遊馬／アストラル
- デュエルチャンピオンを目指す少年「九十九遊馬」は、アストラル世界からやってきた謎の生命体「アストラル」と出会い、アストラルの記憶の欠片である「ナンバーズ」を集めるため、「かっとビング」の精神で様々なデュエルにチャレンジする。エースモンスターは「Ｎｏ．３９ 希望皇ホープ」。
- 神代凌牙
- 「シャーク」の異名を持つ“札付き”デュエリスト。その実力は高く、かつて全国大会の決勝戦に出場したほどだが、不正を行ったため表舞台を追われてしまった過去を持つ。エースモンスターは「Ｎｏ．３２ 海咬龍シャーク・ドレイク」。
- 神代璃緒
- シャークこと「神代凌牙」の双子の妹。Ⅳとのデュエルで重傷を負い入院を余儀なくされていたが、回復し兄と共に学園生活を再開する。容姿端麗、成績優秀で周囲からの人気も高いが、完璧主義で近寄りがたい雰囲気をまとっており、ついたあだ名が「氷の女王」。デッキも「氷」をイメージした鳥獣族デッキを操る。
- 武田鉄男
- 遊馬のクラスメイトで幼い頃からの腐れ縁。デュエルの腕はなかなかのもので「ナンバーズ」を持たなかった頃の遊馬には負け知らず。口は悪いが友達思いで、仲間達と共に「ナンバーズクラブ」を結成し遊馬とアストラルの闘いをサポートする。エースモンスターは「ブリキの大公」。
- 観月小鳥
- 遊馬のクラスメイトで幼なじみ。「ナンバーズ」をめぐる闘いに巻き込まれた遊馬を誰よりも心配している。遊馬の助けになるべく「ナンバーズクラブ」に参加するが、デュエルの知識はあまり豊富ではない様子。エースモンスターは「フェアリー・チア・ガール」。
- 天城カイト
- ある目的のためにナンバーズを狩る「ナンバーズ・ハンター」。同じくナンバーズを集める遊馬の前に圧倒的な実力で立ち塞がった。アストラルのことは互いにライバルと認めており、遊馬にとっては超えるべき壁として意識されている。エースモンスターは「銀河眼の光子竜」。
- Ⅲ
- トロン一家の三男。真面目で温厚な性格だが、父「トロン」の命令に忠実であったがゆえに、遊馬とは道を違えてしまう。父の研究テーマでもあった「先史遺産」には強い思い入れがあり、「Ｎｏ．６ 先史遺産アトランタル」を始めとした先史遺産カードを操る。
- Ⅳ
- トロン一家の次男で極東エリアのデュエルチャンピオン。普段はファンサービスを欠かさない紳士的なデュエリストなのだが……。凌牙が表舞台を追われた原因を作った張本人。「紋章」の力を使い「Ｎｏ．１５ ギミック・パペット－ジャイアントキラー」を始めとした強力なナンバーズを操る。
- Ⅴ
- トロン一家の長男。かつては父「バイロン」と共に「Dr.フェイカー」の元で異世界研究を行っていたが、Dr.フェイカーの裏切りを知り復讐を誓う。Dr.フェイカーとの和解後は異世界研究に戻り、その成果として人間でも扱える「RUM（ランク・アップ・マジック)」を完成させた。カイトにデュエルを教え真のデュエリストへと鍛え上げた師でもある。
- 神月アンナ
- 遊馬のかつてのクラスメイト。ひょんな勘違いから遊馬を復讐相手とつけ狙うが、それが誤解と分かった後も、たびたび遊馬に絡んでくる。思い込んだら止まらない本人の性格に合わせてかどうかは分からないが、「超弩級砲塔列車グスタフ・マックス」を軸にした「列車」デッキを豪快に操る。
- ギラグ
- アストラル世界と敵対するバリアン世界の戦士「バリアン七皇」の一人。人間世界では本来の力が使えないため、代わりに洗脳したデュエリストを差し向けナンバーズを奪おうと画策した。バリアンとしての本来の力を発揮するデュエルでは、オーバーハンドレッド・ナンバーズ「Ｎｏ．１０６ 巨岩掌ジャイアント・ハンド」を切り札とする。
- アリト
- バリアン世界の戦士「バリアン七皇」の一人。己の拳による真っ向勝負を好み、遊馬とは互いの立場を越えた良きライバルとして自らの正体を明かし闘った。使用デッキ「BK（バーニングナックラー）」は、オーバーハンドレッド・ナンバーズ「Ｎｏ．１０５ ＢＫ 流星のセスタス」の効果を始めとしたカウンター戦法を得意とする。ギラグとは互いに気の合うダチ公。
- ミザエル
- バリアン世界の戦士「バリアン七皇」の一人。最強のドラゴン使いを自認し、時を操るオーバーハンドレッド・ナンバーズ「Ｎｏ．１０７ 銀河眼の時空竜」そして「ＣＮｏ．１０７ 超銀河眼の時空龍」を従える「銀河眼（ギャラクシーアイズ）使い」。同じ銀河眼使いである「天城カイト」をライバル視し数々の激闘を繰り広げた。
