好きなチームを選んで、実際のプロ野球と同じペナントレースを楽しむことができるモードが「ペナント」だ。 セ・パ交流戦、クライマックスシリーズ、日本シリーズを勝ち抜いてチームを日本一に導こう！ 実在の球団のほかにも、オリジナル選手やサクセスキャラを交えたアレンジチームを参加させることができる。 最大30年プレイできるので、チームを長期スパンでじっくり強化するスタイルも楽しめるぞ。 選手を獲得・育成して強いチームを作り上げよう！

選手がそれぞれ有している、固有の潜在能力を引き出す「潜在能力」システムが新たに登場！ 選手それぞれに設定された記録や練習などのクリア条件を満たすことで、能力アップできるさまざまな選手特性アイテムが手に入る。 成長タイプが変化したり、能力タイプが進化する貴重な選手特性アイテムが入手できる可能性も。 最初は能力が低い選手でも、うまく条件クリアしていけば手に入れたアイテムの効果で大化けするかも！？ 手に入れたアイテムはチームごとに自動的に使用するか、自分の好きなタイミングで使用するかの設定もできるぞ。

今作は国内リーグに加えて、4年に1度開かれる国際野球大会が開催される。待ち受けるのは世界のスーパースターたち。 キミの手で日本代表メンバーを選出し、予選リーグやトーナメントを勝ち抜いて世界一をつかみ取ろう！
国際野球大会はペナントレース中の夏場に開かれるインターナショナルベースボールカップと ペナントレース開幕前に開かれるワールドチャンピオンシップベースボールの2大会があり、 それぞれの大会が4年に1度開かれる。日本を含めて16の国・地域が登場するぞ！

オフシーズンにはFA選手や海外から帰国した選手との交渉、ドラフト会議など、新たな戦力を獲得する機会がたくさんある。 特にFA選手は「年俸ランク」が導入され、さらに実際のプロ野球に近いルールになった。 そのほか、監督・コーチの専用特殊能力追加、疲労システムの復活、キャッチャーリード特殊能力の効果設定など、やりごたえのある内容になっている。

ドラフトで獲得した新人や新外国人選手の能力が入団時にはわからず、ペナントレースのなかで能力が次第に判明していくシステムが復活！ ほかにも能力限界突破イベントや、監督・コーチ転身前の能力確認機能など、さまざまな部分がパワーアップしているぞ！