22世紀。人々は重力から開放された

新たな土地を求め、宇宙へと活動の範囲を広げていく人類。
テラフォーミング化された火星は地球各国の植民地となり、その手は更に木星へと伸びていく。新たなる資源、新たなる土地は人類の未来を切り開く一方で、新たなる問題をももたらした。
火星16カウンティ（地球各国が当地する「州」）及び木星圏コロニーに住む人々は地球の圧政の下で管理され、辺境の住人、"エンダー"と呼ばれた。
重力に縛られた地球育ちと宇宙育ちの間には埋めきれない溝が生まれ、いつか管理するものとされるものとして反目しあうことになっていく。

メタトロンの発見

そんな宇宙開拓の中で発見された未知の鉱石、メタトロン。
エネルギー資源としての優位性のみならず、その多様な利用価値が注目を集めた。だが同時にメタトロンの強大なエネルギーは軍事面においても利用されていく。火星の反地球勢力はメタトロンを使用した巨大人型兵器、オービタルフレームを極秘裏に開発。
地球側の人型兵器LEVに対し、その圧倒的機動性の差を見せ付ける。それまで数で地球に敵わなかった火星の反地球勢力は、初めてそれに対抗しうる武器を手に入れることになる。

木星衛星軌道上コロニー、アンティリア

木星圏での資源採掘を目的に木星衛星エウロパの軌道上に建設された人工コロニー、アンティリア。
ここは同時に火星反地球勢力の中核をなす、バシリアカウンティのバフラム軍とネレイダム・ユニバーサル・テクノロジー社(NUT)による新型兵器開発にも利用されていた。
彼らは地球から遠く離れたこの地で新型オービタルフレーム「ジェフティ」と「アヌビス」を開発。だが、この事態を知った地球側は連合宇宙軍(UNSF)をアンティリアに派遣し、2172年、新型オービタルフレームと共にこのコロニーを武装占拠した。

2172年　アンティリア襲撃事件 (ZONE OF THE ENDERS Z.O.E)

その数ヵ月後、バフラムは連合宇宙軍から2機の新型オービタルフレームを奪還すべく、指揮官にノウマン大佐、副官にヴァイオラ中尉をおいたオービタルフレーム中隊を送り込む。
連合宇宙軍のLEV部隊はオービタルフレームの前に歯が立たず、瞬く間にアンティリアはバフラムに制圧される。
この作戦でアヌビスはバフラム軍の手に渡ったが、ジェフティは奪取を免れた。時を同じくしてこの2機の回収の任務にあたっていた連合宇宙軍の特務部隊、アトランティス号副長エレナ・ワインバーグは、バフラム襲撃の混乱に巻き込まれたレオ・ステンバックに、軍事施設から宇宙港へのジェフティの移送を依頼。レオはヴァイオラたちバフラム軍の襲撃を受けながらも、宇宙港に待つアトランティス号へとジェフティを運び込み、辛くもアンティリアを脱出したのである。

バフラム、火星制圧 (ANUBIS ZONE OF THE ENDERS)

西暦2174年。アヌビスの基礎研究を元に開発された新型オービタルフレーム群により圧倒的戦力を手にしたバフラム軍は、ついに火星、地球の武力制圧を開始した。アーマーン計画の指揮者となったノウマンの襲撃により連合宇宙軍は壊滅状態。
アヌビスに火星の大地は焼き尽くされ、バフラムの独裁を決定付ける不落の軍事要塞、アーマーンの完成は目前に迫っていた。
だが、アーマーン計画を完遂させるためには、その鍵となるジェフティをおさえる必要があった。ノウマンは再びジェフティの奪取を計画する。一方連合宇宙軍はバフラムに占拠された火星圏の警戒網をかいくぐることを断念、ジェフティを木星圏に破棄し、バフラムの目から隠した。

覚醒するジェフティ

同じ頃、木星衛星カリストで採氷作業をしていたLEV作業員のディンゴ・イーグリットは、その作業中に強力なメタトロン反応を確認。その先に1機のオービタルフレームを発見する。オービタルフレーム、ジェフティの覚醒。それはかつて戦場にいたディンゴの過去を呼び覚ます。

アヌビスとジェフティ、そしてアーマーン計画。火星圏を舞台に最後の決戦が始まる。