『METAL GEAR ONLINE』では、実際のサバイバルゲームのように、多種多様な対戦ミッションをご用意。それぞれでゲームルールが異なり、兵士達の役割や状況もまた変わってきます。
敵チームのチケットを0にすれば勝利です。敵プレイヤーを殺害する、もしくはフルトン回収することで、敵チームのチケットを1つ減らすことができます。賞金首ポイントを所持している敵プレイヤーをフルトン回収すると、賞金首ポイントの分だけ味方チームのチケットが増加します。
潜入チームは制限時間内にデータディスクを回収してから、回避ポイントでアップロードを完了させれば勝利となります。防衛チームは制限時間いっぱいまで、それを阻止すれば勝利となります。潜入チームは非殺傷武器のみ、防衛チームは殺傷武器のみ所持できます。再出撃はできないミッションなので、一度倒されてしまうと戦場に復帰できません。