1999年、石油を精製する微生物OILIXを開発したキオ・マルフ博士が拉致された。

中央アジアの少数民族自治区に興った独立武装勢力ザンジバーランドがOILIXを手に入れることで、エネルギー危機にあえぐ世界に対し軍事的政治的優位を確立せんと図ったのだ。

当時の特殊部隊FOXHOUND司令官ロイ・キャンベルは、退役していたソリッド・スネークを呼び戻し、ザンジバーランドへの潜入、マルフ博士の奪還を依頼した。

鉄壁の防御をかいくぐり、ザンジバーランド奥深く潜入を果たしたソリッド・スネークは、アウターヘブンから移管されこの地で完成していたメタルギアを破壊。
傭兵部隊を束ねるかってのFOXHOUND隊員グレイ・フォックスとの死闘を制して、
OILIXの精製法を奪還することに成功した。

そしてソリッド・スネークはザンジバーランドを影で率いていた男と対峙する。

その男の名は、ビッグボス。

アウターヘブンを生き延びた彼は、
自分達戦士が唯一生の充足を得られる状況 ＝ 戦争を世界に惹起し続けるため
に武装要塞国家ザンジバーランドを築いたのだ。

二度目の、そして最後の闘いに勝利したソリッド・スネークは、
戦場を去りアラスカの雪原に消えた。