21世紀初頭。

アラスカ フォックス諸島沖の孤島、シャドーモセス島にある
核兵器廃棄所で現役ハイテク特殊部隊FOXHOUNDが突如として蜂起、島を占拠した。

数百の核弾頭を手にした彼等の要求は「伝説の兵士」ビッグボスの遺体。
彼等は24時間以内に要求が受諾されない場合、核を発射すると通告してきた。

史上最大のテロ事件に、元FOXHOUND隊員ソリッド・スネークが呼び戻された。
そして極秘裏に任務が下る。

核兵器保存庫に単独潜入。
人質として囚われたDARPA局長、アームズテック社社長を救出。
テロリストを排除し、基地を武装解除せよ！！

そしてソリッド・スネークは独り、戦場へと向かう……。