1995年、南アフリカ奥地に突如出現した武装要塞国家アウターヘブン。

そこで核搭載型二足歩行戦車メタルギアが開発されていることを掴んだ西側は
特殊部隊FOXHOUNDに潜入工作を要請した。

先に潜入したグレイ・フォックスは敵の捕虜となるも、
新入隊員のソリッド・スネークが彼を解放。
開発途中であったメタルギアを破壊して、アウターヘブンを陥落させた。

だが脱出を図るソリッド・スネークの前に一人の男が立ち塞がった。

FOXHOUND総司令官ビッグボス。

アウターヘブンの実態は大規模な傭兵派遣会社であり、
ビッグボスこそがその指揮官だったのだ。

西側に対する情報撹乱を目論んで送り込んだ
ソリッド・スネークによって逆に野望を打ち砕かれたビッグボスが叫ぶ。

「お前はやりすぎた、やりすぎたのだ！」

ソリッド・スネークは激闘の末ビッグボスを倒し、
独り燃え上がるアウターヘブンを後にした。