
La population terrestre a explosé, la pollution ne fait que s'amplifier et les ressources naturelles s'épuisent. Incapable de poursuivre la vie sur une planète aussi petite que la Terre, l'humanité décide de partir dans l'espace. La Lune et Mars étant incapables d'accueillir tous les êtres humains, ils décident de s'étendre jusqu'à Jupiter. Une colonie spatiale, baptisée Antilia, est construite au point de Lagrange L5 de Jupiter et Europa pour assurer le support des opérations minières où environ 100 000 personnes travaillent. Elle sert également de base pour BAHRAM, l'organisation militaire de l'état martien anti-Terre, le comté de Vascilia.
Antilia est la base spatiale la plus éloignée des humains, et ne se positionne ni contre ni pour la Terre. Depuis que Nereidum Universal Technology (NUT) et BAHRAM ont perdu leur poste de développement pendant l'incident de Deimos, Antilia représente pour eux une excellente opportunité d'établir un entrepôt de R&D pour les Orbital Frames, des armes humanoïdes surpassant le mecha LEV. Leurs deux Orbital Frames les plus perfectionnés, Jehuty et Anubis, détiennent des aptitudes offensives incroyables ainsi que des compétences d'une puissance encore plus grande. Après avoir appris leur existence, la Space Force envahit Antilia et prend possession de Jehuty et Anubis.
BAHRAM a beaucoup investi dans Jehuty et Anubis, et a décidé de récupérer les deux machines. Ils déploient un escadron d'Orbital Frames qui anéantit rapidement les unités LEV de la Space Force et prend le contrôle d'Antilia. Menées par le colonel Nohman et son aide de camp, le lieutenant Viola Gyune, ce sont les forces principales de BAHRAM, et ils n'hésitent pas à frapper sans pitié. Au milieu de ce chaos, le jeune colon, Leo Stenbuck, est témoin de la mort de ses amis, tués par BAHRAM. Meurtri et en colère face à ce massacre inutile, se reprochant la mort de ses amis, Leo s'enfuit.
Dans la panique, Leo monte par inadvertance dans Jehuty et doit apprendre les commandes grâce à l'I.A. embarquée, « ADA », alors que BAHRAM passe à l'attaque. Il n'en faut pas plus à Leo pour devenir la nouvelle cible de BAHRAM, motivé pour récupérer Jehuty. Une unité spéciale de la Space Force à bord d'Atlantis tente de récupérer Jehuty et Anubis, et sa commandante en second, Elena Weinberg, demande à Leo de quitter l'entrepôt militaire pour emmener Jehuty jusqu'au Port Spatial. Leo consent à apporter l'Orbital Frame à Atlantis à condition qu'Elena lui assure que BAHRAM quittera Antilia à la poursuite de Jehuty.
Cependant, Jehuty vient tout juste d'être activé et n'est toujours pas achevé. Pour compenser les défauts de programmation, Leo doit trouver des pièces détachées disséminées aux quatre coins de la colonie. Pendant sa mission, il repère une jeune fille prise au piège dans une zone résidentielle. Elle s'appelle Celvice Klein. Elle tente de se rendre dans un orphelinat pour s'assurer qu'aucun enfant n'a été oublié à l'intérieur. Leo la sauve, et les deux montent dans Jehuty avant de rejoindre Space Force. Ces deux jeunes innocents pris au milieu de la guerre réussiront-ils à se rendre sains et saufs au Port Spatial ?