XXIIe siècle : l'humanité libérée de l'apesanteur

L'humanité s'étend dans les profondeurs de l'espace à la recherche d'une nouvelle terre d'accueil.
Après sa terraformation, Mars est devenue le foyer de colonies venant de divers pays terriens, et l'expansion continue sur Jupiter. Cependant, ces nouvelles ressources et nouveaux territoires apportent leur lot de problèmes.
Mars est composée de 16 comtés, qui correspondent aux « états » incluant plusieurs nations terriennes. Les Martiens et les colons du système jovien sont gouvernés d'une main de fer par la Terre. Ces peuples vivant à la frontière de la civilisation sont appelés les « Enders ».
Un fossé se creuse entre ceux qui ont été élevés sous la gravité de la Terre et ceux flottant dans l'espace, et avec le temps l'hostilité entre les dirigeants et les dirigés s'agrandit.

La découverte du Metatron

Au cours des explorations spatiales, l'homme découvre un nouveau minerai appelé Metatron.
Celui-ci retient l'attention non seulement pour son utilisation en tant que source d'énergie, mais aussi pour une multitude d'autres objectifs. Cette incroyable source d'énergie finit par être employée à des fins militaires, alors que les forces anti-Terre sur Mars l'utilisent pour développer en secret les armes humanoïdes géantes connues sous le nom d'Orbital Frames.
Les Orbital Frames possèdent une mobilité supérieure à celle des LEV de la Terre, des armes humanoïdes similaires. Jadis incapables de faire face à la force numérique de la Terre, les Martiens anti-Terre disposent finalement d'une arme avec laquelle ils peuvent riposter.

Antilia, colonie spatiale en orbite de Jupiter

Antilia fut établi le long de l'orbite d'Europa, l'un des satellites de Jupiter, afin d'exploiter le système jovien.
En parallèle, elle fut également utilisée pour le développement d'armes par Nereidum Universal Technology (NUT) et BAHRAM du comté de Vascilia, le noyau des forces martiennes anti-Terre.
C'est ici, loin du regard de la Terre, qu'ils ont développé leurs nouveaux Orbital Frames, Jehuty et Anubis. Malheureusement, la Terre en prend connaissance et envoie la Space Force sur Antilia. En 2172, celle-ci prend le contrôle des Orbital Frames et de la colonie.

2172 : Le raid d'Antilia (Zone of the Enders)

Quelques mois plus tard, BAHRAM déploie un escadron d'Orbital Frames, comprenant le colonel Nohman et son aide de camp, le lieutenant Viola Gyune, pour récupérer Jehuty et Anubis.
Les LEV de la Space Force ne font pas le poids face aux Orbital Frames, et Antilia tombe rapidement sous l'emprise de BAHRAM.
BAHRAM s'empare d'Anubis au cours de l'opération, mais il ne parvient pas à mettre la main sur Jehuty. Pendant ce temps, une unité spéciale de la Space Force à bord d'Atlantis part en mission pour s'emparer des deux Orbital Frames. La commandante en second du vaisseau, Elena Weinberg, demande à Leo Stenbuck, qui a été impliqué dans le raid de BAHRAM, de transporter Jehuty depuis l'entrepôt militaire jusqu'au Port Spatial. Leo est attaqué par Viola et les autres forces de BAHRAM, mais finit par l'emporter. Après avoir apporté Jehuty à Atlantis, ils parviennent à s'échapper d'Antilia.

BAHRAM prend le contrôle de Mars (The 2nd Runner)

Nous sommes en 2174. La force militaire de BAHRAM s'est agrandie considérablement grâce aux nouveaux Orbital Frames qu'ils ont développés à partir d'Anubis. Au final, Mars et la Terre sont toutes les deux sous leur contrôle. Nohman mène désormais le projet Aumaan, et ses attaques écrasent la Space Force.
La surface de Mars a été réduite en cendres par Anubis, et Aumaan, la forteresse impénétrable qui deviendra la clef de voûte de la dictature de BAHRAM, est bientôt achevée.
Toutefois, BAHRAM a besoin de Jehuty pour accomplir le projet Aumaan, et Nohman tente donc à nouveau de s'en emparer. Au même moment, la Space Force abandonne tout espoir de se glisser entre les mailles du filet de la sécurité martienne et laisse Jehuty dans le système jovien, en le cachant au regard de BAHRAM.

Le réveil de Jehuty

Dingo Egret, un récolteur de glace LEV travaillant sur Callisto, remarque une forte radiation de Metatron pendant ses activités. Dans les alentours, il découvre un Orbital Frame, Jehuty. Ce dernier se réveille, forçant Dingo à renouer avec son passé de soldat.
Jehuty, Anubis, et le projet Aumaan se rencontrent alors sur Mars pour une bataille finale épique.