米中ソの冷戦も雪解けが始まり、各地の地域紛争も融和を迎えようとしていた。ようやく核の脅威の時代は終わりを告げると思われていた、21世紀直前。ソ連、中国、中近東に隣接する中央アジアの民族自治区の小国ザンジバーランドに民族主義的軍事政権が樹立した。ザンジバーランドは世界各地の廃棄用核兵器貯蔵庫を襲撃。高純度の石油を精製する微生物（微細藻類）「OILIX（オイリックス）」を発明した、チェコの生物学者キオ・マルフ博士を渡米途中に拉致した。核兵器とOILIXによって世界に対し軍事優位を確保しようとしたのである。元FOX HOUNDのソリッド・スネークに極秘任務（オペレーション・イントルードFO14）が下る。その目的はザンジバーランドに単独潜入、キオ・マルフ博士の救出。
　スネークは潜入中に何人かの協力者たちと遭遇する。ジャーナリストとして潜伏していたCIAの工作員ホーリー・ホワイト。マルフ博士の護衛ナターシャ・マルコバァ。そして、以前メタルギアを開発していたペトロヴィッチ博士がいた。彼はザンジバーランドでメタルギアの開発を強いられていたのである。スネークに救出された彼は衝撃の事実を告げる。ザンジバーランドの指導者は、スネークが倒したはずのビッグボスなのだと。彼は武装要塞国OUTER HEAVENの崩壊後、新しい戦闘国家を作るために暗躍していたのだ。そして、彼らの軍備の切り札こそが新型メタルギア改D。スネークの脳裏に悪夢がよみがえる。すべての真相を知るためにスネークとペトロヴィッチ博士、ナターシャはマルフ博士の救出へ向かう。
　その救出を阻止しようと立ちはだかる数々の強敵、そしてかつてOUTER HEAVENで消息不明となっていた親友グレイ・フォックス。彼らは時代と政治の狭間に取り残された男たち。戦いの場を求めて、この地へやってきた。戦場を越えた理由なき闘いが繰り広げられる。死線を超えたスネークはマルフ博士の収容所へたどり着く。そして明かされる衝撃の深層。ここにもOUTER HEAVENの亡霊がいた。
　目的を果たしたスネークはザンジバーランドを脱出しようとする。だが、その前にメタルギア改Dに乗ったグレイ・フォックスが立ちはだかる。メタルギアを倒したスネークは、グレイ・フォックスと地雷源で殴りあう。肉体と肉体のぶつかり合いに打ち勝ったスネークは、遂にザンジバーランドの首領ビッグボスのもとにたどり着く。 ビッグボスは言う。｢戦闘の緊張感を知ったものは、二度と戦場から離れられない。お前たちがただひとつ生きがいを感じるものを与えてやったのだ｣。硫酸が立ち込め、即死必至の戦場でビッグボスとスネークの一騎討ちが始まる。はたしてスネークはビッグボスの呪縛から逃れることができるのか。"父殺し"を思わせる、宿命の闘いの決着は……。