Yugi Muto, un ragazzo con la passione per i giochi, ha risolto il Puzzle del Millennio degli antichi egizi e ora ospita l'anima che era intrappolata al suo interno.
Con le sue due anime, Yugi dovrà sconfiggere potenti nemici nel gioco di carte "Duel Monsters" per svelare i misteri che circondano gli Oggetti del Millennio e il secondo Yugi.