クリアすると物語が進む『MAIN OPS』や報酬を入手できることがある『EXTRA OPS』のほかに『OUTEROPS』というモードがある。これは、マザーベースの兵士を別の紛争地域に派遣するというシミュレーション要素のあるモードだ。
マザーベースのメインメニューからOUTER OPSを選択で派遣しよう。このモードは派遣を選択後、部隊を操作するのではなく帰還報告を待つことになる。『MAIN OPS』や『EXTRA OPS』を進めて時間を経過させると帰還報告があがる。 派遣には兵士のほかに、兵器も配属できる。なかでも、メタルギアZEKEが強力なので開発してみると良い。
そのほかに、マザーベース内の武器開発状況も部隊全体の攻撃力に関係してくるので積極的に武器開発をおこなおう。自ずと勝率が上がってくる。OUTER OPSで戦闘に勝てば、設計図やユニフォームが手に入る事もあるので挑戦してみよう。