前作『武装神姫 バトルマスターズ』のクリアデータがある場合、
前作のエンディング後からプレイするか、最初からやり直すかを選ぶことができます。
どちらの場合も、データを引き継いで『武装神姫 バトルマスターズ Mk.2』をプレイできます。
※前作で購入したダウンロードコンテンツを引き継ぐには、PlayStation®Storeにて今作用にコンバートされたデータをダウンロードしていただく必要があります。
●神姫のLOVE ●シナリオのクリア情報
●所持アイテム（ダウンロードコンテンツを含みます）
●ショップの陳列情報（ダウンロードコンテンツを含みます） ●神姫ポイント
●所持レールアクション（一部を除く） ●戦績 ●称号
●神姫ニュース※ ●バトルカードクリア情報（一部を除く）※
※最初からやり直す場合は引き継がれません。
前作の最後に「Ｆ１チャンピオン」になった主人公と、その後の物語が描かれます。
Ｆ１大会を優勝し、名実共に神姫マスターの頂点に輝いた主人公。
パートナーの神姫からお祝いのメッセージをもらい、Ｆ大会会場はまさに新チャンプ誕生の興奮に沸いていた。
そのため、夜空に輝く月を不穏な影が横切ったことに気がつく者は誰もいなかった…
大会の余韻も落ち着いた頃、主人公は会場近くにある高台の公園で、
前チャンプである竹姫葉月からねぎらいの言葉とリベンジ宣言を受けていた。
またその場にやってきた友人の大木戸甚平からもライバル宣言を受けていた。
ゆっくりと時間が過ぎる中、事件が突然発生する。高台から見下ろせる街の中心部で突然の爆音が鳴り響き、
火柱が立ち上った。それを見た３人の神姫マスターとパートナーの神姫達は皆、絶句した。
ただ、その場にいた誰もが、強烈な不安感に襲われていた。
部屋に戻ってきた主人公と甚平は早速テレビを点け、ニュースを確認した。
どうやら爆発によって死者が出ているらしい。犠牲者の名前は大月良治（オオツキヨシハル）。
甚平はその名前に既視感を感じたが、その素性までは思い出せなかった。
しかし、甚平の中で何かが引っかかっているようで、懸命に犠牲者のことを思い出そうとしていたが、
その時、二人に神姫バトルの運営から一通のメールが届いた。そのメールには以下の内容が書かれていた。
「しばらくの間、すべての神姫バトルを中止する」と…
