ビッグ・シェルでの事件から5年、世界情勢は大きな変化を見せていた。民間軍事請負企業(PMC)の台頭――戦争はビジネスへと変貌し、今や経済活動の推進力でさえある。そんななか、特殊部隊FOXHOUNDの生き残りであり、PMC大手5社を手中に収めたオセロットは、シャドー・モセス島で核ジャック事件を引き起こしたリキッド・スネークの遺志が乗り移ったかのように、新たな蹶起の準備を進めていた。ソリッド・スネークは彼を追い、中東の戦場へと急ぐ。しかし、伝説の傭兵BIGBOSSのクローンとして生み出された故の代償なのか、その肉体は急速に老化しつつあった――。
伝えられないもの“SENSE”をテーマに、ソリッド・スネークの最後の戦いが始まる!