ソリッド・スネークがシャドー・モセス島の事件を解決した2年後。核搭載歩行戦車“メタルギア”の技術は世界へと拡散を始めていた。反メタルギアNGO“フィランソロピー”を結成したソリッド・スネークは、極秘裏に輸送されている新型メタルギアの情報を追い、ニューヨーク、ハドソン川を航行中の偽装タンカーへと潜入するが、リボルバー・オセロットの罠に落ち、タンカーとともにハドソン湾へと姿を消す。

政府は流出した原油を処理するため、ハドソン湾に除染施設“ビッグ・シェル”を建造するが、タンカー沈没から2年後の2009年、そのビッグ・シェルを“サンズ・オブ・リバティ”と自称するテロリストが占拠した。テロの首謀者は死んだはずのソリッド・スネークを名乗り、視察に訪れていた大統領を人質に取る。大統領救出のため、政府は新生FOXHOUND部隊の新人“雷電”をビッグ・シェルへと派遣する――。