2005年、アラスカ沖のシャドー・モセス島にある核兵器廃棄施設が、特殊部隊“FOXHOUND”によって占拠された。彼らの要求は伝説の傭兵BIGBOSSの遺体。「24時間以内に要求が受理されない場合は核を発射する」との通告に対し、政府は元“FOXHOUND”隊員であるソリッド・スネークを召集、単独潜入任務を依頼する。

彼はテロの首謀者“リキッド・スネーク”が自らに酷似していることに衝撃を受け、シャドー・モセス島へと向かう。それは同じBIGBOSSの遺伝子を継ぐ者同士による因縁の始まりとなった―。