冷戦の緊張緩和が進み、世界が仮初めの平和を謳歌していた1974年。BIGBOSSの称号も祖国も捨てたスネークは、コロンビアにて国家に属さない独自の軍隊を結成していた。そんな彼の前に、“軍なき国家”コスタリカからの来訪者、パスとガルベスが現れる。キューバ危機以降、東西のパワーバランスの鍵を握ると言われた中南米にて、奇跡的に平和を保っていたコスタリカ。その各地にて、謎の武装集団が不審な動きを見せているらしい。パスとガルベスは武装集団の調査と排除をスネークに依頼する。

現地へと向かったスネークは、FSLN（サンディニスタ民族解放戦線）のアマンダ、チコと協力し調査を開始するが、核抑止の危うい均衡の元に保たれていた幻想の平和は、儚くも消え去ろうとしていた――。