東西冷戦下の1964年、米特殊部隊“FOX”に所属する若き兵士、暗号名“ネイキッド・スネーク”は、科学者ソコロフの亡命幇助のため、ソ連へと赴く。しかし、スネークの師であり、特殊部隊の母と呼ばれる女性兵士“ザ・ボス”の裏切りにより任務は失敗。さらにザ・ボスが持ち込んだ小型核弾頭を、ソ連のヴォルギン大佐が国内で使用してしまう。米政府は事件への関与を否定するため、スネークに敬愛するザ・ボスの抹殺を要求した。 祖国アメリカを裏切ったザ・ボスの真意とは？　「メタルギア」シリーズの原点である、伝説の傭兵 “BIGBOSS” 誕生の物語――。