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米、中ソなどの大国間の雪解けに始まり、各地の地域紛争も和解、緩和に向かっていた。
ようやく世界は安定化の時代を迎えようとしていたのだ。
時は1990年代後半。
まさに核の脅威の時代は終わりを告げ、新たな安定の新世紀、21世紀を迎えようとしていた。
しかし、平和を好まない者達もいた――。
中東で不穏な空気が高まっていた。
ソ連、中国、中近東に隣接する小国、ザンジバーランドに軍事政権が樹立。
ザンジバーランドは世界各地の「廃棄用核兵器貯蔵庫」を襲撃、未廃棄であった核兵器を奪い、世界で唯一の核武装を遂げた。
程なく、隣国に対して無差別侵攻を開始したのである。
核を放棄した世界にとってザンジバーランドの核武装は文字通り、脅威となった。
核保有を放棄した世界に再び、核の脅威が芽吹こうかとしていた。
一方､30年は持つと言われた世界の石油資源の枯渇が予想以上に早く到来し、
石油に代わる安全な代替エネルギーを得られないまま、世界は深刻なエネルギー危機に直面していた。
そんな中、チェコの生物学者、キオ・マルフ(Kio Marv)博士により、高純度の石油を精製するという微生物（微細藻類）「OILIX（オイリックス）」が発明された。
「OILIX」を巡って世界は再び緊張状態へと移行したのだ。
しかしアメリカでの学会に出席するためチェコを離れたマルフ博士は渡米途中、ザンジバーランドによって拉致されてしまう。
ザンジバーランドは核兵器と「OILIX」によって軍事優位を確保しようとしているのである。
――僅か数ミクロンの微生物が、今、世界を震撼させようとしている。
元FOXHOUND隊員のソリッド・スネークに極秘任務が下る。
ザンジバーランドに単独、潜入、キオ・マルフ博士を救出せよ！
世界を核の脅威から守れ！！
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